Здравствуйте! Полипропилен и поликарбонат это довольно разные материалы по свойствам. Поликарбонат более требователен к условиям переработки, у него выше температура плавления, он более чувствителен к влаге. Термопластавтомат скорее всего подойдет тот же если он достаточно мощный и может выдавать нужную температуру, но возможно понадобится другой червяк, специально под поликарбонат. Обязательно нужна хорошая система сушки сырья, поликарбонат очень гигроскопичен. Прес-формы тоже нужны соответствующие, с учетом усадки материала. В общем технически возможно, но нужна подготовка.